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由于分類的依據不同，分類方法也各異：

①根據抗原的化學組成 可將其分為蛋白質、脂蛋白、脂多糖、多糖、糖蛋白、多肽、核酸等抗原;

②根據抗原的形成方式 可將其分為天然抗原、結合抗原(沒有免疫原性的半抗原通過化學方法結合在某種載體蛋白分子上)和合成抗原(用化學方法將某些氨基酸或核苷酸連起來而形成的原)。結合抗原主要用于研究免疫反應的特異性和免疫應答的機制，合成抗原主要用于研究免疫原性的分子結構。的特異性和免疫應答的機制，合成抗原主要用于研究免疫原性的分子結構;

③根據與淋巴細胞的關系 可將其分為胸腺依賴性抗原和非胸腺依賴性抗原。前者在刺激B細胞產生抗體時，必須有T細胞協作。自然界中的多數蛋白質，以及含有多樣化抗原決定簇的抗原，如紅細胞、血清蛋白質、細菌等均屬此類抗原，所產生的抗體大多是IgG.后者直接刺激B細胞產生抗體，無需T細胞參加。這類抗原在結構上的特點是：有一定密度的重復出現的抗原決定簇(如大腸桿菌脂多糖、右旋糖酐等)，所產生的抗體大多是IgM;

④根據抗原的來源 可將其分為外源性抗原(來自體外物質)和內源性抗原(來自機體本身);

⑤根據抗原的免疫原性 可將其分為完全抗原和半抗原(包括復合半抗原和簡單半抗原)。既具備免疫原性又具備反應原性的物質如細菌、病毒、動物血清等為完全抗原;只具備反應原性，不具備免疫原性的物質為半抗原，如某些藥物、寡糖、核苷酸等小分子化合物。