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當細菌劃線接種到固體平板培養基上后，在適宜的培養條件下。細菌便迅速生長繁殖。由于細菌細胞受固體培養基表面或深層的限制，故不能像在液體培養基中那樣自由擴散，因此繁殖的菌體常聚集在一起，形成了肉眼可見的細菌集落，通常稱之為菌落(colony)。由于平板劃線的分散作用，單個菌落來源于細菌的一個細胞，生長一定時間后便肉眼可見，挑選一個菌落移種到另一固體斜面培養基上，即可獲得細菌的純培養。各種細菌在一定條件下形成的菌落均具一定的特征，包括菌落的大小、形狀、光澤、顏色、硬度、透明程度等。所以細菌菌落特征是細菌菌種鑒定的重要依據，在細菌分類學上具有重大意義。

菌落特征決定于組成菌落的細胞結構與生長行為，如細菌的莢膜，它的存在與否和菌落形態等有直接關系。肺炎鏈球菌因具有莢膜就形成光滑型菌落，其表面光滑黏稠，不具莢膜的菌株形成的菌落為粗糙型，菌落表面干燥、有皺折，表明菌落特征和細菌細胞的結構密切相關。菌落的形狀和大小不僅決定于菌落中細胞的特性，而且也受到周圍菌落的影響，菌落靠得太近，由于營養物質有限，有害代謝物的分泌和積累，因而生長受到抑制。所以在平板分離菌種時，常可看到平板上互相靠近的菌落都較小，而那些分散開的菌落均較大。，即使在同一菌落中，由于各個細菌細胞所處的空間位置不同，在營養物的攝取及空氣供應等方面亦都不一樣，所以在生理上、形態上亦或多或少會有所差異。

在平板培養基上形成的菌落往往有三種情況，即表面菌落、深層菌落和底層菌落，上面所介紹的菌落特征都是指表面菌落。某些細菌在明膠培養基中生長繁殖時，能產生明膠酶水解明膠。如果將這些菌種穿刺接種在盛有明膠培養基的試管中，則由于明膠被水解形成不同形狀的溶解區，由于一定的細菌形成一定形狀的溶解區，所以是細菌分類的項目之一。